Chùa có quy mô nhỏ với cấu trúc kiểu chữ khẩu, thông thường như bao ngôi chùa làng của người Việt nhưng lại  rất nổi tiếng. Đây là một trong năm ngôi chùa của tỉnh Bình Định được sách Đại Nam nhất thống chí chép đến (cùng với các chùa Thạch Cốc, Linh Phong, Thập Tháp, Long Khánh ). Sự nổi tiếng của chùa Nhạn Sơn không phải do bề dày lịch sử hay kiến trúc độc đáo mà vì bên trong chính điện thờ hai pho tượng đá khổng lồ, một sơn đen, một sơn đỏ. Vì thế mà nhân dân địa phương còn gọi chùa này là chùa Ông Đen Ông Đỏ hay chùa Ông Đá. Điều này phù hợp với điều ghi chép trong sách Đại Nam nhất thống chí, duy chỉ có tên gọi thì trong sách này lại ghi là Mạn Sơn tự (chùa rìa núi ?). Sách chép rằng: "Chùa Mạn Sơn tục gọi là chùa Ông Đá, ở thôn Nhạn Tháp, huyện Tuy Viễn, về phía nam thành Chà Bàn. Trong chùa có hai tượng đá, đứng hai bên nhìn nhau trên viên đá vàng, mình cao hơn 6 thước, lưng rộng hơn 5 thước, một pho sơn son, một pho sơn đen, thầy chùa chế áo xiêm, mũ đai bằng vải vẽ hình mây rồng mặc vào, trông như hình người còn sống. Tương truyền tượng ấy là tượng Phật của người Chiêm Thành. cầu đảo thường ứng nghiệm”.

Di tích chùa Nhạn Sơn hiện nay thuộc địa phận thôn Nam Nhạn Tháp, xã Nhơn Hậu, huyện An Nhơn, nằm cách huyện lỵ (thị trấn Bình Định cũ) 6km và thành phố Quy Nhơn 23km về phía Tây Bắc. Chùa nằm dưới bóng một cây xoài xanh mướt, tựa lưng vào núi Long Cốt, trước mặt là một hồ sen, cảnh trí thật thơ mộng.

Không có tài liệu đích xác nào cho biết về thời điểm lập chùa. Tất cả chỉ là truyền thuyết. Theo đó, lúc mới dựng lên, chùa có tên là Thạch Công tự – sung nghĩa tự. Nhạn Sơn Linh Tự và Nhạn Sơn tự (chùa Ông Đá). Một vấn đề đặt ra là giữa hai pho tượng đá này và ngôi chùa có mối quan hệ như thế nào với nhau. Có thuyết cho rằng đó là tượng của đôi bạn chí thân Huỳnh Tấn Công và Lý Xuân Điền, một người ở Hóa Châu (Huế) còn người kia quê ở Ninh Bình. Cả hai đều là bậc anh tài được vua Trần trọng dụng. Vào thời buổi loạn lạc, giặc Tàu đe dọa phương Bắc, quân Chiêm Thành uy hiếp phía Nam, vua Trần cử mỗi người cầm quân đi đánh dẹp một phương. Vốn là người Hóa Châu, Huỳnh  Tấn  Công được cử đi đánh Champa, chẳng may bị bắt làm tù binh. Họ Huỳnh trở thành gia nô cho một viên đại thần trong triều đình Champa. Nhờ có tài xem mạch, bốc thuốc, có lần Huỳnh Tấn Công đã chữa cho vị quan nọ khỏi một căn bệnh hiểm nghèo. Từ đó ông được sủng ái hết mực. Sau khi dẹp xong giặc Bắc quay trở về, biết Huỳnh Tấn Công đang lưu lạc nơi đất Chiêm, Lý Xuân Điền quyết chí vào Nam tìm bạn. Cuối cùng họ đã tìm được nhau. Cảm kích trước tình bạn thủy chung, vị đại thần Champa đã đồng ý cho họ Huỳnh cùng bạn trở về quê hương. Hai người ra về được ít lâu, vì thương nhớ, vị quan người Chiêm đã sai thợ tạc tượng hai ông để hàng ngày được ngắm nhìn cho thỏa. Sau này người ta lập chùa thờ hai pho tượng, đặt tên là Song Nghĩa tự. Câu chuyện hết sức mơ hồ và có những chi tiết phi lịch sử nhưng thật cảm động. Gần đây một số phim ảnh, sách báo khi giới thiệu các di tích lịch sử văn hóa Bình Định cũng kể về sự tích này.Thực ra đó chỉ là sự phản ánh trí tưởng tượng của dân gian,giải thích mối quan hệ Việt - Chiêm trong lịch sử, lý giải hiện tượng trong chùa Việt có tượng Champa.

Hai pho tượng nay đã được tô một ông đỏ, một ông đen nhưng vẫn dễ dàng nhận ra đó là hai pho tượng được tạc bằng đá sa thạch, một loại hình nghệ thuật đặc trưng của người Chàm. Đây là hai tượng Môn thần (Dvarapalla), người Việt quen gọi là Hộ Pháp, mà ta có thể bắt gặp trong các công trình kiến trúc tôn giáo của người Chàm. Dọc dải mảnh đất miền Trung, địa bàn xưa của Vương quốc Champa, nay vẫn còn lại nhiều tượng Môn thần với những niên đại khác nhau. Nhưng điều đặc biệt là ở chỗ không đâu có hai pho tượng Môn thần lớn và sinh động như ở chùa Nhạn Sơn.

Tượng Môn thần, với ý nghĩa là người bảo vệ cho Đạo pháp, bao giờ cũng đứng ở cửa của một công trình kiến trúc tôn giáo. Không ai biết hai pho tượng ở chùa Mạn Sơn hiện nay vốn thuộc công trình kiến trúc tôn giáo nào, nhưng cứ nhìn vào hai pho tượng, đặc biệt là khoảng cách gần, chừng 400m, từ chùa Nhạn Sơn đến gò Tam Tháp, phế tích tháp Chàm cổ có quy mô khá lớn, có thể đoán định rằng hai tượng Môn thần vốn là những tác phẩm điêu khắc trong quần thể kiến trúc tháp. Năm tháng trôi qua, tháp sập đổ, tượng đá bị vùi cho đến ngày những người dân Việt tìm thấy. Họ đưa về chùa để thờ phụng. Dân làng kể rằng, từ mấy trăm năm về trước dưới đất bỗng trồi lên hai pho tượng. Những người tò mò đến rờ mó nghịch ngợm thì về nhà mắc chứng nhức đầu. Sợ quá họ lập đền thờ, lúc đầu lợp tranh sau mới xây gạch.

Hai pho tượng vốn nguồn gốc được người Chàm thể hiện trong tư thế đối xứng nhau cao tới 2,2m, rất sống động với dáng vẻ thật dữ dằn. Điều này phù hợp với hình tượng thần giữ cửa. Mặc dù nay tượng đều đã bị tô sơn nhưng vẫn có thể nhận ra nét tinh tế trong nghệ thuật điêu khắc của các nghệ nhân xưa. Cách mặc kiểu sampot, hoa văn cánh sen chạy vòng quanh đai thắt lưng cho thấy rõ ràng phong cách Tháp Mẫm, phong cách điển hình của thế kỷ XII, XIII của hai pho tượng này.

Thời kỳ hoàng kim của Vương quốc Champa cùng với nền văn hóa rực rỡ của họ cũng đã qua đi sau cuộc chinh phạt năm 1471 của Lê Thánh Tông. Đại Việt đã cắm mốc biên giới đến núi Thạch Bi (Nơi giáp giới giữa Bình Định và Phú Yên). Đất Đại Châu xưa với kinh đô Vijaya tráng lệ trở  thành phủ Hoài Nhơn trong lãnh thổ Đại Việt. Nhiều công trình kiến trúc như thành quách, dinh thự, đền đài…  cũng biến mất trong dâu bể của chiến tranh, của thời gian. Người Việt bắt đầu công cuộc kinh dinh vùng đất phương Nam, rồi cộng cư, hòa đồng với người Chàm bản địa. Công trình kiến trúc vĩ đại phía Nam thành Vijaya bị phá hủy, chỉ còn lại phế tích tháp đổ (gò Tam Tháp) và nguyên vẹn hai tượng môn thần đồ sộ. Nhìn vào tư thế tượng và bệ đá có thể đoán định rằng hai pho tượng này được tạc bằng đá nguyên khối, vì thế mà có thể trơ gan cùng tuế nguyệt. Người Việt đến sinh cơ lập nghiệp ở chốn này thấy hai pho tượng đá uy nghi liền xây chùa để thờ phụng mà chính điện là nơi ngụ của hai pho tượng đá. Thế rồi từ ý nghĩa là tượng Môn thần của người Chàm, hai pho tượng này đã trở thành tượng Phật của người Việt, được tô sơn, một ông đỏ, một ông đen, ông đỏ ở bên phải, ông đen ở bên trái, thành ông Thiện, ông ác, thành thần giữ cửa giống như trong các ngôi chùa người Việt khác. Từ đó hình thành một loại tín ngưỡng hỗn hợp Việt - Chàm. Đã quét sơn (theo nghĩa đen) người Việt còn phết thêm cho hai pho tượng một “lớp sơn văn hóa”, dán thêm ria mép, râu cằm. Âu cũng không có gì khó hiểu, đó chính là một đặc trưng văn hóa Việt: dễ thích nghi, giỏi tiếp biến. Ngoài hai tác phẩm điêu khắc đá đặc sắc, có giá trị lớn về lịch sử và nghệ thuật, giá trị của di tích chùa Nhạn Sơn còn ở chỗ đây là một điểm giao thoa văn hóa mà nếu nghiên cứu sâu sẽ còn khám phá thêm những điều vô cùng lý thú. 

Pho tượng sơn màu đỏ tay phải đưa ra vừa tầm ngang với ngực rất tự nhiên, tay trái vốn cầm một quả chùy bầu dục, nhưng người Việt đã chắp thêm một đoạn lên phía trên quả chùy biến nó thành cây thiết trượng. Hai cổ tay đều đeo vòng tràng hạt. Hai cổ chân cũng đeo vòng tròn nhưng khác nhau, vòng tròn chân phải là hình một con rắn, vòng tròn chân trái phía trước chạm nổi lá đề. Pho tượng sơn màu đen đứng phía bên trái có tư thế giống như pho tượng bên phải. Tay cầm thiết trượng, cổ tay đeo tràng hạt, hai cổ chân chống hai con rắn, bệ tượng tròn chạy xung quanh là những vòng tràng hạt. Điều đáng tiếc là tay phải đã bị gãy hiện được đắp bằng xi măng.

Về trang phục cả hai tượng đều mặc sampot, dải buông ra phía trước, đuôi vểnh chéo thành năm nếp vắt lên đùi trái, người ở trần, đeo chéo một con rắn đầu ló ra trước ngực, tóc búi cao xung quanh là những sợi dây buộc chéo, trâm cài phía sau, đầu đội mũ có rìu xéo. Cả hai pho tượng đều có miệng lớn, mũi bành rộng lưng gãy, ngực hơi ưỡn ra phía trước. Đặc điểm trên cho thấy rõ tính chất Nam Á, xét về mặt nhân chủng học, của hai pho tượng này. Nhưng giờ đây y phục của hai pho tượng đều đã được Việt hóa. Hai vị được mặc áo đại bào, đầu đội mũ đằng cho giống với các tượng thần trong chùa Việt.

Dòng người đến chùa Nhạn Sơn  vẫn không ngớt như hàng trăm năm nay vẫn thế. Người ta đến chùa để cầu xin đức Phật được mọi sự tốt lành là đặc biệt là niềm tin thiêng liêng ở sự phù hộ dộ trì nơi hai pho tượng đá này. Cũng mấy ai hiểu rõ giá trị lịch sử và nghệ thuật đặc sắc của nó, còn nhân dân thì vẫn cứ đến đây, phần nhiều vì hai pho tượng đá mà đời này truyền đời kia rằng rất thiêng, cầu đảo thường ứng nghiệm.